Lisans eğitimini Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi (İngilizce) bölümü ana dal, Uluslararası İlişkiler (İngilizce) bölümü çift ana dal olarak tamamlayan Safiye Ergun, şu anda Orta Doğu Teknik Üniversitesi Avrasya Çalışmaları bölümünde yüksek lisans yapmaktadır. Başlıca akademik ilgi alanları şunlardır: küresel yönetişim, hükümetlerarası organizasyonlar, bölgeselleşme, Orta Asya ülkeleri, Çin.